Im Gegensatz zur herkömmlichen, konventionellen Bauweise findet beim Bodenseehaus die Produktion der Wände, der Decke und des Dachs in einer geschlossenen, im Winter beheizten, Werkhalle statt. Das bedeutet, die einzelnen Arbeitsgänge sind dort von Witterungseinflüssen unabhängig und erreichen daher ein hohes Maß an Qualität.
Zur Herstellung der Wände werden die getrockneten Kanthölzer auf sog. Montagetischen ausgelegt und dann in mehreren Arbeitsgängen die Platten aufgebracht und die Isolierung eingelegt. In weiteren Arbeitsgängen werden dann sowohl die Fenster, wie auch die Rollladenkästen und die Haustüre eingebaut. Die Decken werden als Deckenkörper vorgefertigt, und je nach Ausbildungsart entweder als sichtbare Holzbalkendecke oder als geschlossene, isolierte Decke ausgeführt.
Beim Pfettendach wird in der Regel ebenfalls ein Dachkörper in der Werkhalle vorgefertigt, wobei hier die Lattung und Konterlattung schon aufgebracht wird und die Sparrenköpfe malermässig gestrichen und die Schalung aufgebracht ist. Somit sind in der Regel alle Wände, Decken und beim Pfettendach auch die Dachkörper in der Werkhalle vorgefertigt und unterliegen dort einer ständigen Überprüfung von Maßhaltigkeit und Qualität, so dass später das Haus innerhalb von 1 bis 2 Tagen auf der Baustelle erstellt und dann auch eingedeckt werden kann.
Diese kurze Montagezeit und der hohe Qualitätsstand ist nur möglich durch den hohen Vorfertigungsgrad in der Werkhalle.